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フリーソフトRを使ったらくらく医療統計解析入門

フリーソフトRを使ったらくらく医療統計解析入門 published on

『フリーソフトRを使ったらくらく医療統計解析入門』書評

島根大学特任教授 小林祥泰

この度、医療統計に苦労している医療関係者にとって画期的な本が出版された。とくに私のような初代Macintoshの卓越した性能に惚れ込んで以来の生粋のMACユーザーにとって、とても使いやすかった「StatView」が販売中止になり、使い慣れないソフトで苦労していた者には朗報である。
私は「脳卒中データバンク」の統計を、最初の2回までは例数も16,000例までだったので「StatView」を使って自分で解析し著者に提供していたが、4万例以上のデータは「StatView」では扱えず、医療統計の専門家である大櫛陽一先生にSPSSでの解析をお願いしてきた。だから、高価な統計ソフトを使うまでもない比較的少数のデータを扱う、しかも統計が得意ではない研究者にとって、この本はきっと役に立つと思われる。なぜなら、医療統計の基本が実践的なデータの例題を見ながら分かりやすく説明されているからであり、WindowsのみならずMACでも、本格的な統計解析が「無料で」行えるからである。
大櫛先生は、これまで多くの地域コホート研究で膨大なreal worldの医療関係データを解析してこられ、『コレステロールと中性脂肪で薬は飲むな』といった過激な本で学会に挑戦し続けている。その裏付けには医療に特化した正確な統計解析が必要であり、その観点から本書では、まずデータの内容や分布の吟味を行い、その上で統計解析法を選んでいく手順を示されている。
即ち、まずデータを表またはグラフにしてみる。データ入力ミスのチェックにもなる―余談だが、統計で恐いのは入力ミスである。私も脳卒中データバンクの解析でデータクリーニングに膨大な手間を費やした―。その上で何を比較するのかを検討し、色々な影響因子を加味した多変量解析などを、実際のデータを使って具体的に示しながら「R」による解析を進めている。ROC曲線が複数の検査の優劣の比較には適しているが、有病率が高い専門外来(有病率=50%)以外では不適切なことなども指摘されている。大腸癌と生活習慣の関係を見た多重ロジスティック回帰分析やライフスタイルと糖尿病発症のCox比例ハザード回帰分析、患者が病院を選ぶ因子をみる因子分析、生存率を比較するKaplan-Meier法など、ほとんどの医療統計に対応しており、この本で取り上げられた豊富な例題を実行していくことで、これらの統計の基本を一から学ぶことができるのである。
ところで中山書店のホームページにアップされたRスクリプトなどはWindows用だったので、ダウンロードしてもMACでは文字化けしてそのままでは使えず、一苦労であった。しかしこの点はすぐに改善され、中山書店でMAC用の解説とRスクリプト、事例データを作成し、ホームページのサポートサイトにアップされたので、いまやMACでもスムーズに使える環境となった。プログラミングの初心者でも、本書にある解析ならRスクリプトをそのまま使って、読み込むデータファイル名を自分のデータファイル名に変更すれば、同じ解析が可能である。
従来は英語版の「R」を初心者が使うことは至難の業であったが、この本によって「R」を使いこなせる道が開けたことと、医療統計学の意味を理解して自己の解析に応用できるようになることの意義はたいへん大きい。

マイナスから始める 医学・生物統計

マイナスから始める 医学・生物統計 published on
メディカル朝日 2012年11月号 p.84 BOOKS PICKUPより

前提となる「考え方」から学ぶ

多くの定理や公式のように、毎回普遍の答えに結び付かない統計学。予定調和の考え方に基づいた学問で、数学の一環として学ぼうとすると挫折しがちだ。医学・生物統計学的検定の考え方を理解するために書かれた本書は、その楽しさを日常的なたとえでユーモアを交えながら読みやすく伝える。途中で閉じてしまった統計学入門書を再読する前に読みたい一冊。

朝日新聞出版より転載承諾済み(承諾番号23-3094)
朝日新聞出版に無断で転載することを禁止します

生存時間解析がこれでわかる! 臨床統計まるごと図解

生存時間解析がこれでわかる! 臨床統計まるごと図解 published on

“今の人が羨ましくなる”入門書

癌と化学療法 Vol.40 No.9(2013年9月号) BookReviewより

書評者:小寺泰弘(名古屋大学大学院医学系研究科消化器外科学)

私が臨床試験に初めて触れたのは、愛知県がんセンター消化器外科の若手スタッフ時代に参加させていただいたJapan Clinical Oncology Group(JCOG)の班会議でのことであった。JCOGではわが国の標準治療を改定すべく多くの臨床試験が計画され、実施されている。「班会議って何ですか? 何をするんですか?」「ん? 行けばわかる」というのが初めて班会議に出かける間際の私と当時の上司との会話であった。「でもいいや、首都圏のあこがれの先生方とお会いできるんだし」とばかりに、勇んで出かけたものである。
何の予備知識もなく班会議に出席した私は、さまざまな臨床試験が計画され、その内容が煮詰められる過程を、意見どころか質問すら発することができないままにただただ拝聴するのみであった。しかし、回を重ねるうちに「適格基準」、「症例数の設定」など、いくつかの専門用語や概念が頭に刻まれていった。さらに、班会議ではJCOGの臨床統計家の先生方によるレクチャーもたびたび企画され、そもそも“臨床統計家”という職業があるのだということに加え、幾ばくかの知識も追加され、次第に班会議での討議内容もおぼろげながら理解できるようになっていった。
数年後に大学から後輩が赴任してきた。彼を初めての班会議に連れて行く際には、行きの新幹線の中で「俺の時は、『ん? 行けばわかる』という説明しか受けなかったけど・・・」と前置きして、当時行われていた臨床試験のコンセプトと概要を大まかに説明することができるまでに“成長”していた。私は小6レベルの算数しか理解できない文系人間だが、その後輩は理数系の頭脳を持っていたので、瞬く間に私を追い抜き、班会議の中でも頭角をあらわしていった。しかし、私のオリエンテーションも少しはお役に立ったのではないかと自負している。
愛知県がんセンターとJCOGで7年半お世話になったのちに名古屋大学に異動した。異動当時、教室内での臨床試験や医療統計の理解は皆無に等しかった。私がゼロの状態から7年半かけて耳学問で身につけた知識は、学問の府であるべき大学の外科学教室においても、ひいては外科系諸学会における発表内容の多くを聴いても、まったく欠落していた。大学にいる大学院生の多くは一生実験をやって暮らすわけではなく、間もなく一般病院で若手を指導する立場になる人たちである。君たち、分子生物学なんか後でよいので、まずはこういうことを学ばないと・・・とばかりに、何度も研究室でレクチャーを行い、また、オブサーバー参加という辛い立場ではあったがJCOGの班会議に連れて行った。しかし、繰り返しになるが、私の知識は耳学問で得た“おぼろげ”なものに過ぎず、稀にもう少し勉強しようと思い立っても、手に入るのは「成書」とも呼ぶべき、いかめしい専門書ばかりであった。これらは現在でも新品同様の状態で書棚に並んでいる。
今回、佐藤弘樹先生、市川 度先生執筆による『臨床統計まるごと図解』の書評を頼まれた。忙しくて読んでいる暇ないし、といって読まずに書くのは気が引けるし・・・ということで、ある日曜日の午前中、自宅でやむなくちょっとページを繰ってみたところ、思わず引き込まれ、1時間で読破してしまった。読みやすい。しかも、今までの知識が“おぼろげ”であった分、曖昧であった点がひとつひとつクリアーになっていくのが心地よい。読後に最初に浮かんだ言葉は、「今更何よ」である。これまでも「今の人はいいなあ、昔はこんな物(や制度)なかったもんなあ」とどれだけつぶやいたかわからないが、この本もそうした嘆きの対象となる逸品である。それでは、まったく知識がない人が読んだ場合にどの程度わかりやすいのか、それは私には想像するしかないのだけど、何といっても工夫を凝らした図がわかりやすい。おそらく大丈夫であろう。今やすべての医師が治療に際してガイドラインを紐解き、エビデンスを意識せざるを得ないし、意欲があるなら、ALL JAPANの臨床試験に参加することにもなる時代である。さらに、必要に応じてガイドラインを逸脱することが求められる局面にもしばしば遭遇する。そのためにも臨床試験によるエビデンスの限界、すなわちガイドラインの限界を知ることも重要である。この本を読んでおけばいっそう自信をもって診療に臨めるであろう。
唯一不満なのは、目次の後のページにある市川度先生の似顔絵だ。何か予備校のベテラン講師のような風貌で、全然似ていない。本物の方がずっと「良い男」であることを強調して筆をおく。